针对“干不满三个月就被扣1000”的问题，首先需要明确该做法是否符合法律规定。以下为您分析不同情况下的合法性：干不满三个月被扣1000元的做法通常不合法，但需结合具体情况判断。1.若公司以“未干满三个月”为由直接扣除1000元，且无法律依据或合同约定：-这种扣除属于无故克扣工资，违反《工资支付暂行规定》第十五条，员工有权要求公司返还被扣金额。2.若公司能证明员工因个人原因给公司造成经济损失，且合同约定可从工资中扣除：-需满足损失金额明确、扣除后工资不低于当地最低工资标准，且每月扣除部分不超过当月工资的20%，否则扣除1000元仍可能不合法。3.若公司将1000元作为“违约金”且未提供专项培训：-根据《劳动合同法》第二十二条，仅在公司提供专项培训并约定服务期时，员工违约才需支付违约金，否则违约金约定无效。
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针对“干不满三个月被扣1000元是否合法”的问题，可依据《工资支付暂行规定》第十五条进行分析：《工资支付暂行规定》第十五条明确规定：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”若公司仅以“干不满三个月”为由扣除1000元，未出现上述法定代扣情形，则属于无故克扣工资，违反该条款。即使公司主张员工造成经济损失，也需提供明确的损失证据（如财产损坏清单、维修费用凭证等），且扣除金额需符合“每月扣除部分不超过当月工资20%”“扣除后工资不低于最低工资标准”的要求，否则扣除1000元仍不合法。综上，该做法不符合法律规定。
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针对“干不满三个月被扣1000元”的问题，可能存在以下法律风险：1.诉讼时效风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若员工在被扣工资后超过一年未主张权利，将丧失胜诉权。例如：员工2023年1月被扣1000元，2024年2月才申请仲裁，公司可提出时效抗辩，仲裁委可能驳回申请。2.证据链断裂风险：若员工无法提供工资条、扣工资通知等证据，无法证明公司扣除1000元的事实，维权将难以成功。例如：员工仅口头主张被扣工资，但无书面证据，公司否认扣工资行为，仲裁委可能不支持其请求。
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针对“干不满三个月被扣1000元”的问题，可能存在以下特殊情况：1.员工与公司签订了合法的服务期协议：若公司为员工提供了专项培训（如付费技能培训）并约定服务期（如三个月），员工提前离职需支付违约金，但违约金不得超过培训费用。例如：公司为员工支付5000元培训费用，约定服务期三个月，员工干满一个月离职，需支付约3333元违约金，但公司仅扣1000元则合法。2.员工因个人原因造成公司重大经济损失：若员工因故意或重大过失导致公司损失（如损坏贵重设备），公司可从工资中扣除赔偿款，但每月扣除部分不超过当月工资的20%，且扣除后工资不低于最低工资标准。例如：员工月工资5000元，造成公司2000元损失，公司每月可扣1000元（20%），扣满2个月，此时干不满三个月被扣1000元可能合法。

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